Nie możesz - wykonanie pliku wsadowego z wbudowanym Promptem Poleceń spowoduje, że okno pozostanie otwarte do momentu wyjścia pliku wsadowego.
To, co możesz _zrobić, to podjąć kroki, aby upewnić się, że plik wsadowy zakończy się tak szybko, jak to możliwe. Jeśli jest to w ogóle możliwe, zmodyfikuj plik wsadowy, aby uruchomić dowolny program za pomocą polecenia start. Domyślnie start wraca natychmiast, nie czekając na zakończenie programu, więc plik wsadowy będzie kontynuował pracę i, przypuszczalnie, wyjdzie natychmiast. W połączeniu z modyfikacją skrótu do uruchomienia pliku wsadowego minimalizujemy to do minimum, a pasek zadań będzie migał, nie widząc nawet okna na ekranie.
Jedno zastrzeżenie do tego jest takie, że jeśli uruchamiasz program w trybie konsolowym, którym jest wiele interpretatorów skryptów, plik wsadowy będzie czekał na wyjście programu, a użycie start spowoduje powstanie nowego okna konsoli. To, co musisz zrobić w tym przypadku, to uruchomić wersję interpretera opartą na Windowsie zamiast na konsoli - nie ma potrzeby korzystania z start. W przypadku Perla, zamiast wperl.exe uruchomiłbyś perl.exe. W przypadku Pythona, jest to pythonw.exe zamiast python.exe. Stara dystrybucja Win32 Ruby, którą ściągnąłem ma rubyw.exe, która powinna zrobić to samo.
Ostatnią możliwością jest użycie zewnętrznego narzędzia do uruchomienia zachęty komend z ukrytym oknem. Słyszałem o takich rzeczach, ale nigdy nie miałem z nich pożytku, więc nie wiem o niczym szczególnym, co wskazywałoby na ciebie.